一般根据临床症状及局部检查所见，最后据病理组织检查可确诊。

  1.复杂性肛瘘

其病程较长，40岁以上者多见，瘘道周围有浸润，分泌物呈胶冻状，直肠内有瘘道内口，病理检查可资确诊。

  2.肛管结核性溃疡

多发生于青年人，有结核病史。其溃疡表浅，柔软，病理组织检查或分泌物培养，可帮助诊断。