肛裂的主要症状是疼痛。可因排便而引起周期性疼痛，即排便时，因粪便刺激局部溃疡面的神经末梢，立刻感到肛门灼痛，便后数分钟疼痛缓解，这个时间称疼痛间歇期。以后又因肛管括约肌痉挛，发生剧烈疼痛，此期可将续数小时，使患者坐立不安，难以忍受，直至括约肌劳后，肌肉松弛，疼痛缓解。当再次排便时，又会发生疼痛，故临床称此特征为肛裂疼痛周期。

  疼痛有时可放射到会阴部，臀部，大腿内侧或骶尾部。患者常因疼痛而恐惧排便，久之引起便秘。便秘可使肛裂加重，故而形成恶性循环。